Praktický návod, jak postupovat v procesu posouzení tak, aby nebyly kladeny nadměrné nároky na oznamovatele záměrů či předkladatele koncepcí a zároveň byly naplněny všechny podmínky ochrany lokalit soustavy Natura 2000 vyplývající ze směrnic EU a zákonů ČR. Tento metodický pokyn Ministerstva životního prostředí najdete ve Věstníku vlády pro orgány krajů a orgány obcí 3/2006 (ročník 4, částka 2).